2020年初春，新冠肺炎突袭，在党中央坚强领导及国家、省市卫生行政主管部门的指导下，西南医科大学附属中医医院充分发挥中医药特色优势，积极主动开展抗击新冠肺炎的防治工作。 西南医科大学附属中医医院在这次防疫战中充分发挥中医药特色优势，做到了第一时间医疗支援 ，第一时间主动排查，第一时间后勤保障， 第一时间学习掌握，第一时间核酸检测 ，第一时间集团联动，第一时间中医科研 ，第一时间复工复产，在医疗卫生机构中起到了良好地带头和示范作用。西南医科大学附属中医医院将继续坚持“仁和精诚 佑护生命”的医院使命以及“中医医院要姓‘中’，中医医院也要姓‘综’，中医人才要姓‘博’，现代科技要跟‘踪’”的医院发展理

1月20日，西南医科大学附属中医医院第一时间启动疫情防控工作预案，制定了《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗和联防联控工作方案》，设立了新冠肺炎应急指挥部和领导小组，指挥部下设的13个小组各司其职，密切配合。